Według tradycji pierwszy kościół wzniosła tam w 966 r. Dąbrówka, żona Mieszka. Znalazł się on w miejscu osławionej bałwochwalni, czyli znanej pogańskiej świątyni potrójnego biesa: Świat, Poświat, Pogoda. Ślady pogańskiego kultu zachowowały się do dzisiaj na zboczu góry.
Natomiast opactwo benedyktyńskie założył Bolesław Chrobry w 1006 r. Od X w. aż do kasacji opactwa w 1819 r. gospodarzami sanktuarium byli benedyktyni, obecnie opiekę nad nią sprawują misjonarze oblaci Maryi Niepokalanej.
Relikwie podarował kościołowi w XII w. św. Emeryk, syn węgierskiego króla Stefana.
W średniowieczu oraz później, aż do kasaty opactwa w 1819 r., Święty Krzyż był jednym z najważniejszych ośrodków intelektualnych i kulturalnych w Polsce. Mnisi przechowywali cenne dzieła sztuki, literatury i nauki, prowadzili warsztat, w którym przepisywali księgi, m.in. Kazania Świętokrzyskie i prowadzili badania przyrodnicze i naukowe.
Na Świętym Krzyżu jest pochowanych wiele znakomitych osobistości, m.in. książę Jeremi Wiśniowiecki.
Widziane przez dziurkę od klucza: tak wyglądały kalsztorne cele, kiedy było tu więzienie.
Odcisk łapy dinozaura - eksponat muzealny.
