Nazwa wsi wywodzi się stąd, że była własnością biskupstwa krakowskiego.
W 1425 r. sąd ziemski lubelski przysądził biskupowi Zbigniewowi Oleśnickiemu prawo do młyna zbudowanego po drugiej stronie rzeki. Tutaj w 1444 r. poświęcił drewniany, modrzewiowy kościółek przeniesiony z Piotrawina, a po powrocie z Rzymu jako biskup krakowski założył miasto Biskupice za zgodą Króla Polski Kazimierza Jagiellończyka na prawie magdeburskim i nadał temu miastu szereg przywilejów m.in. ustanowił targi co czwartek i jarmarki tygodniowe na Św. Trójcę.
Biskup Oleśnicki nadaje wójtostwo szlachcicowi Andrzejowi Górskiemu i zezwala mu na zbudowanie w mieście łaźni, nadaje mu też jatki chlebne, szewskie jedną mięsną oraz wolny przemiał w młynie biskupim, trzeci denar sądowy, szósty czynszowy i przysiężne. Zastrzega dla siebie konną służbę w pancerzu z kuszą, a oprócz dziesięciny snopowej czynsze: 0,5 gr. z łana, 1 gr. z domu i 2 gr. z ogrodu. Przyłącza do miasta 50 łanów lasu i zezwala mieszczanom na wyrąb i wypas bydła. Ustanawia jarmarki na Św. Stanisława (8 maja i 27 września), a w razie przyjazdu biskupa mieszczanie dadzą 12 miar owsa i naczynie piwa.
Biskup Oleśnicki eryguje w Biskupicach parafię przy kościele w 1453 r. pw. Św. Stanisława i nadaje jej siedlisko na plebanię, ogród, stawy, księgi i urządzenia kościelne. Biskupicami zarządzał wyznaczony pełnomocnik rezydujący w mieście przebywający we dworze biskupim już od 1445 r.
Skąd o tym wszystkim wiadomo ?Ano z dzieła Jana Długosza pod tytułem "Liber beneficjorum" :)
Wybudowany kościół drewniany dotrwał do 1725r. a ówczesna dziedziczka Biskupic Alojza Radzimińska z Piaseckich umierając bezpotomnie cały swój majątek zapisała w testamencie na wybudowanie murowanego kościoła w miejsce drewnianego. Była to świątynia w stylu włoskim z facjatą i dwoma wieżami, w których w jednej były dzwony, a w drugiej sygnaturka.
Teren około kościelny ogrodzono z trzech stron murem, a z czwartej otacza go plebania, którą zbudowano w 1730 r. o trzy lata później niż kosciół (1727).
W 1634 r. Biskupice przeszły z rąk duchowieństwa w ręce prywatnych właścicieli. Pierwszym z nich był Paweł Piasecki - historyk, kronikarz, teolog, sekretarz królewski Zygmunta III Wazy, opat w Mogile, biskup kamieniecki, następnie chełmski i przemyski. Następnym właścicielem Biskupic był Remigiusz Piasecki - stolnik lubelski, który przeznaczył w 1711 r. 20 tys. florenów na budowę nowego kościoła, który dokończyła Alojza z Piaseckich i Józef Radzymińscy.
Niekorzystny wpływ na rozwój miasta Biskupic miało zbyt spore oddalenie od przebiegającego traktu w stronę Chełma i granicy, wielka zraza w 1497 r. która wygnała z miasta przejeżdzającego tędy wielkiego mistrza krzyżackiego Johanna von Tieffena, pożary i inne zarazy oraz najazd Tatarów 1670 r., którzy całkowicie zniszczyli miasto.
W 1780 r. mieszczanie w obronie przywilejów nadanych przez Zbigniewa Oleśnickiego, potwierdzonych przez Stefana Batorego i Stanisława Augusta odmówili odrabiania pańszczyzny i wysłali skargę do króla na ówczesną właścicielkę Brygidę Radzinińską. Bunt ten trwał z przerwami do chwili uwłaszczenia chłopów w 1865 r. a prawa miejskie odebrano w 1869/70 r. Biskupicom, co spowodowało całkowitą pauperyzację ludności i zastój w jej rozwoju.
I Wojna Światowa przyniosła kolejne zniszczenia. Biskupice już nigdy nie wróciły do swojego dawnego znaczenia i dziś to mała niezamożna wieś, o której istnieniu mało kto wie.
Kirkut w Biskupicach znajduje się na grodzisku. Wzniesienie jest usypane ludzką ręką. Otacza je fosa, która kiedyś wypełniona była wodą. Kirkut leży w dolinie Giełczwi na jej prawym brzegu.
Cmentarz założono w połowie XVIII w. Ostatni ortodoksyjny pogrzeb odbył się w 1942 r. Najstarszy zachowany nagrobek pochodzi z 1792 r. Wg niektórych źródeł są to dwa cmentarze, sąsiadujące ze sobą. Późniejszy założono na przełomie XIX i XX w. Znalazłam na nim tylko jedną macewę z 1929 roku. Na starszym wypatrzyłam 11 nagrobków.
Swego czasu znajdował się tu ohel nieznanego z nazwiska rabina. Po ohelu nie zachował się żaden ślad.
